Donoghue esteve envolvido durante muitos anos no processo de paz da Irlanda do Norte. Foi um dos negociadores do governo irlandês para o inovador Acordo de Belfast (1998), que proporcionou um quadro político para a paz e estabilidade duradouras na Irlanda do Norte. Foi Diretor Geral do programa de cooperação para o desenvolvimento da Irlanda, hoje conhecido como Irish Aid, e supervisionou nesta qualidade um programa que cresceu significativamente em dotação orçamental e abrangência temática e geográfica. De 2013 a 2017, o Embaixador Donoghue foi o Representante Permanente da Irlanda nas Nações Unidas em Nova York. A pedido do Presidente da Assembleia Geral, atuou como co-facilitador (com o Quénia) nas negociações da ONU que levaram à adoção da Agenda 2030 para o Desenvolvimento Sustentável em 2015.